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由于植物线粒体基因序列保守,结构庞大,重组率低,碱基替换率也低,所以甜瓜属进化分析集中于核基因组和叶绿体基因而忽略了线粒体基因组的遗传多样性。近期研究表明基于线粒体基因组的进化分析在一些种属中显示出特殊的意义从而成为研究的热点,Duminil等于2002年设计出了35对线粒体非编码区的通用引物。葫芦科黄瓜属植物作为世界上唯一线粒体父系遗传的种子植物,探究其线粒体遗传多样性具有重大的意义。