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为了解天然棕色棉纤维色素形成相关基因的表达并克隆与色素合成相关的重要功能基因，本研究分別选取天然棕色棉浙彩棉2号和白棉花浙棉102棉纤维发育10DPA、15 DPA、20 DPA和25DPA的纤维样品提取棉纤维RNA，采用Gene Fishing技术获得一条与色素合成相关的片段，经测序、生物信息学分析并利用RT-PCR的方法克隆了该基因，发现该片段与棉花和其它物种中已克隆的查耳酮合成酶基因存在90％以上的同源性，因此命名为GhCHS。对该基因的序列分析表明：GhCHS基因编码389个氨基酸残基，分子量约42.5 KD，由2个外显子和1个内含子组成。根据该基因内含子和外显子的结构特征，分别设计双链RNA干涉载体引物，成功构建了该基因的双元干涉载体，为进一步验证该基因在棉花棕色纤维形成中参与的功能奠定了一定的基础。