全市水环境治理、保护和建设进入了一个新的阶段，修复水生态系统已经放上了重要的议事日程。本文从2004年全市河道、湖泊不容乐观的水质现状、太湖流域来水水质恶化的趋势和上海面污染情况严重等方面，强调了修复水生态系统的重要性和必要性。本文依据生态系统的无机环境、以及生物的生产者、消费者、分解者等四个基本组成部分及其相互之间形成的生物链关系的理论，回顾了上海河道、湖泊水体遭受污染、水生态系统的破坏、水体严重黑臭的形成过程，分析了生物链在这个过程中不可替代的作用，指出了水环境治理、保护和建设，必须同时或及时开展水生态的修复，创造水边和水中生物多样性的环境，积极、主动、因地制宜地连接生物链，不断提高水体的自净能力。本文最后因地制宜地提出了在当前条件下。修复河道、湖泊水生态系统的“两岸造树林、河坡植草坪(灌木)、墙上攀绿藤、水边栽植物、水流多样化、水中建湿地、水面养萍草、水下种水草、水里养鱼虾、水底爬螺蚌、曝氧放细菌、管理经常化”等十二条操作性措施。