在调研辽宁省辽河流域、河南省沙颍河流域、河北省子牙河流域、江苏省太湖流域以及浙江省、福建省省内流域生态补偿实践的基础上，发现我国目前流域生态补偿试点实践呈现三种典型模式：一是基于水质目标的流域生态模式；二是基于水污染物通量考核的流域生态补偿模式；三是专门面向水源地的生态补偿模式。从调研的典型流域的生态补偿试点实践进展可看出：流域生态补偿机制的实质上是通过构建流域水环境保护目标的经济责任体系，来促进流域水环境保护和流域内上下游地区的社会经济发展一体化，是一种可实现流域水环境可持续利用的综合性政策手段。但各类型流域生态补偿实践尚普遍存在法律依据不充分、补偿标准设置不合理、补偿主要采用单一的资金形式等问题。建议将来的我国流域生态补偿建设要加快流域生态补偿政策的立法进程，流域生态补偿试点模式的选择要体现流域特征差异，要构建配套的流域生态补偿的政府部门协调制度、跨界水质监测制度、以及与当前财政体制相适应的生态补偿财政安排制度。