【摘 要】
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木贼镰刀菌是多种植物的病原菌,也具有益生作用,功能复杂多样.本研究基于Illumina Hiseq 4000和PacBio平台对木贼镰孢菌D25-1全基因组序列进行了测定,初级组装基因组大小为40.55 Mb,GC含量47.92％,205个scaffold,221个contig；高级组装组装出16条染色体,GC含量48.01％,总长40 776 005个碱基,Gap数为0.对内含子、外显子、基因长
【机 构】
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甘肃省农业科学院植物保护研究所,兰州 730070 甘肃农业大学草业学院,兰州730070
【出 处】
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中国植物保护学会2018年学术年会暨植保科技奖颁奖大会
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木贼镰刀菌是多种植物的病原菌,也具有益生作用,功能复杂多样.本研究基于Illumina Hiseq 4000和PacBio平台对木贼镰孢菌D25-1全基因组序列进行了测定,初级组装基因组大小为40.55 Mb,GC含量47.92％,205个scaffold,221个contig；高级组装组装出16条染色体,GC含量48.01％,总长40 776 005个碱基,Gap数为0.对内含子、外显子、基因长度、非编码RNA,重复序列等基因均进行分类统计,外显子40 110个,总长19 787 286bp,内含子26 281个,总长2 290 434 bp,多数基因长度为500～1 499nt,tRNA333拷贝,rRNA 71个拷贝,sRNA 69个拷贝,snRNA 31个拷贝,miRNA108个拷贝,共预测的重复序列1 713 918bp,占基因组4.203 3％.对木贼镰孢菌全基因组序列全面的解析为其基因表达、调控机制,功能机理、进化分析、病害防控等研究提供基础的数据.
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