青枯雷尔氏菌RS91基因组深度测序的de novo组装和生物信息学分析

来源 :中国微生物学会第三届全国微生物基因组学学术研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:mailabc
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@@青枯雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)是一种生长在土壤中的植物病原细菌,可在300多种单双子叶植物中引起毁灭性的细菌性青枯病,对植物的危害极大。本文采用Solexa-illumina新一代测序技术对青枯雷尔氏菌RS91的全基因组进行测序,该菌株为致病菌株。通过基因组测序,不仅为以后青枯雷尔氏菌基因功能的研究奠定了极为有利的基础,而且通过基因组学的研究,更能系统全面地揭示青枯雷尔氏菌的遗传本质和进化历史。青枯雷尔氏菌RS91 Solexa测序短序列(shortreads)的读长为54bp,构建了两种双末端测序(Paired End)的文库(Library),分为长短两种,短的插入序列长度(工nsert length)为300bp,长的插入序列长度为2.5kbo RS91的有效读数,即高质量的短序列的数量共有21,046,530个,测序深度(Sequencing Depth)为203 X。
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