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隐孢子虫为顶复门的寄生性原虫，可以感染包括人在内的多种脊椎动物。目前有效虫种已达16种，并包括另外30多种基因型。这些隐孢子虫虫种的宿主范围可能很广，并且有可能逐渐成为感染人的主要病原体。目前报道人兽共患的隐孢子虫共有8个种和1个基因型。隐孢子虫病的传播途径主要是粪口传播。人们与感染了隐孢子虫病的家畜接触是患隐孢子虫病的风险因素之一；另一方面，宠物在使人患隐孢子虫病方面并不太重要。对隐孢子虫的基因型和基因亚型的研究对预防隐孢子虫病的爆发和控制隐孢子虫病的疫情有很大帮助。本文对近年来人畜共患隐孢子虫的虫种和基因型的研究进展进行了详细的阐述。