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沉积盆地是一个非线性系统，在不同深度有不同的结构。在一定深度以下，远离平衡态引起自组织现象，出现复杂的流体封存箱结构。盆地深部复杂的结构一方面改变着原始层状沉积的固有的特点，使地下岩石的许多性质，如力学性质和热物理性质等，都发生了明显的变化，另一方面又使油气藏的形成和赋存环境复杂多样。据此，盆地演化机制的研究要在非线性科学的指导下采用全新的思路，盆地深部结构的探测需要新的地球物理理论和技术，油气成藏动力学研究中要采用流体动力系统分析观，在油气藏规模预测中，对不同演化程度的系统要采用不同的统计模型。