hTRIR (C19orf43)是一种新的RNase

来源 :中国科学院大学(中国科学院武汉病毒研究所) | 被引量 : 0次 | 上传用户:chenwoyu
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核糖核酸酶(ribonuclease,RNase)对细胞内RNA的代谢起到至关重要的作用,参与RNA的生成、定位、稳定性和降解等过程。自1920年首次发现牛RNase A至今,随着生物化学、分子生物学以及生化检测手段的不断发展,越来越多的RNase被发现,研究和应用。我们在利用体外转录和加工系统研究非编码RNA-人端粒酶RNA(human telomerase RNA,hTR)的生成过程中,发现了可以和hTR相互作用的C19orf43,因此我们将其命名为hTRIR(hTR interacting RNase),但是其功能未知。为了研究hTRIR的功能,我们首先利用生物信息学软件对hTRIR进行序列分析,发现在不同的物种中序列保守性较高,且C端66个氨基酸(aa:111-176)高度保守。通过String软件预测,有7种蛋白与hTRIR存在相互作用,其中有3种参与了细胞中不同RNA的代谢,3种功能未知。将原核表达纯化的hTRIR蛋白在体外与T7转录的RNA、细胞总RNA和化学合成的小RNA片段孵育,我们发现这些RNA都被降解了。尽管hTRIR可以切割不同类型的RNA,但是对闭合环状的质粒DNA,线性化的DNA和单链DNA不具有切割效果。这些结果提示hTRIR在RNA的代谢中可能起着重要的作用。为了优化hTRIR的RNA切割条件,我们将T7转录的RNA与hTRIR在不同的时间、温度和离子强度等条件下孵育。结果表明hTRIR在37oC到75oC,pH 6.5到12与RNA孵育30min后具备较好的切割活性,不需要金属离子作为酶的辅基,不需要ATP提供能量。为了找到hTRIR中RNase活性的结构域,我们构建了不同hTRIR的截短体,原核表达该截短体蛋白并纯化,在体外与RNA孵育检测其RNA切割活性。实验发现序列高度保守的C端部分(hTRIRD)含有RNase活性结构域,N端(aa:1-110)不具有RNA切割活性。为了进一步研究hTRIR切割RNA的分子机制,我们设计了一端或者两端含有甲基化位点的寡聚核苷酸poly(N)来进行体外切割实验。结果表明hTRIR对四种碱基都可以进行切割,但对嘌呤碱基A/G具有较高的切割效率,可达90%。hTRIR既可以从RNA的5’端进行切割,有可以从3’端切割RNA,提示hTRIR是一种新发现的核酸外切酶。综上所述,hTRIR具有核酸外切酶的活性,能够在不同的温度条件下非特异性降解RNA,且不需要金属阳离子或ATP。其主要活性功能域位于C末端,可以从5’或者3’对RNA进行切割。
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