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余甘子(Phyllanthus emblica)系大戟科(Euphorbiaceae)叶下珠属(Phyllanthus)热带、亚热带灌木或小乔木,是一种集营养、保健、药用于一体的保健植物,具有潜在的市场价值.粤东地区余甘子种质资源丰富,但存在品种混杂,遗传背景不清,育种带有很大盲目性等问题.本论文利用ISSR分子标记技术对该地区主栽的12个余甘子品种的遗传多样性进行分析,并探究不同品种间的亲缘关系,为该地区余甘子种质资源的保护、保存归类管理,以及优良品种选育提供参考依据.实验材料由汕头市林业科学研究所提供,采用改良CTAB法提取其基因组,经过纯化和检测完整性后,于-20℃冰箱中保存备用.实验用的ISSR引物由上海生物工程公司合成,在TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice(TP600)型PCR仪上利用已优化的ISSR-PCR反应体系进行PCR扩增.结果用4条多态性引物共扩增出37条可重复条带,26条多态性条带,统计分析后,运用POPGEN 32软件计算出其多态位点百分率(PPB)为70.27％,分析揭示供试品种(系)的观察等位基因数、有效等位基因数、Neis遗传多样性指数和Shannons信息指数分别为1.7027、1.5046、0.2776、0.4035,表明供试品种的遗传多样性水平较低.利用NTSYS-pc2.1e软件根据Nei&Li计算出各品种(系)之间的遗传相似系数(GS)范围在0.5957-1.0间,说明品种间的亲缘关系近.根据UPGMA法构建聚类树状图,在遗传相似系数为0.78水平上,可将12份余甘子品种(系)划分为3个组.每个组分别包含有7、4、1个品种.研究结果虽在分子水平上显示了12份余甘子间的亲缘关系,可为今后开展余甘子品种鉴定、辅助育种、系统进化等研究积累理论依据,但聚类结果与传统的形态学分类不十分吻合.