湖泊(湿地)生态环境保护的主体和相关责任部门及单位构成了湖泊(湿地)保护的管理格局一体制，其工作的运行方式、方法、途径和手段等形成了湖泊(湿地)保护的基本模式—运行机制。建立和完善科学、有效的湖泊生态环境保护体制与机制是解决"谁来保护湖泊"和"怎样保护湖泊"这一核心问题的关键，对于保护和恢复湖泊(湿地)生态功能，促进区域经济、社会与环境的协调发展具有重要意义。本文从以下三个方面阐述湖泊(湿地)生态环境保护的体制和机制：①优化管理体制。以政府为主导，环保主抓，部门协作，建立湖泊(湿地)生态保护科学体制；②完善管理机制。建立湖白(湿地)生态保护项目管理机制、投融资机制、技术服务机制，实现湖泊(湿地)生态保护的有力支撑；③建立法律法规、政策体系，加大执法力度，增强公众参与意识，保障湖泊(湿地)生态保护的制度化、社会化。