2010以来,猪流行性腹泻病毒(PEDV)给全球养猪业带来了长期持续的危害和困扰.对PEDV毒株的进化分析有助于对该病防控策略的制定.对不同国家和地区的PEDV毒株进行系统进化分析发现,基于不同基因或基因组所构建的进化树拓扑结构.对实验室分离的GDS01毒株进行分析,发现其ORF3基因与早期分离的中国DX毒株的ORF3基因高度同源.为了解基因组进化过程中是否发生了重组,用全基因组做了重组分析,此外由于DX毒株仅有ORF2-ORF6之间的基因片段,不同毒株ORF2-ORF6片段也用于重组分析. 通常来说,用来描述进化关系的系统进化树,都是基于突变位点和重要功能域为主导因子进行建模.而实际的进化模型还应考虑其它因素,例如核酸杂交、基因复制、基因漂移和重组等.因此,为了鉴别PEDV毒株的重组情况,采用了如下所述独特的分析方法.首先,利用SplitsTree程序中的系统发育网络功能将选取的毒株序列构建成一张网状图表.在图表中,用到多个而不止一个与亲本毒株相关的分支将序列比对结果中出现的系统发育分歧信号进行归类分析.这就意味着,如果一个复杂的网络呈现了不同分离株之间的关系,那么病毒的重组信号也已经包含在其中了.更重要的是,这些分歧信号是否来源于重组可以通过phi-test来验证.本研究中,运用了分割分解法,因为这个方法较其他方法而言,能使重组信号更加真实可见.此外,还运用了Recco程序中的成本/优化方法来区分突变和重组.最后,用RDP程序方法集进一步确定重组. 对DX株以及其他参考毒株ORF2-ORF6之间的基因片段的研究结果表明,有5个特异的氨基酸替换在很多变异毒株中都是不存在的.由此可以推断这些突变位点可能是CHGD-01型毒株的独特标签,但这些突变是否为病毒的自适应性进化位点.同时,在ZJC24分离株基因组的第12478位与第21702位核苷酸之间以及在强毒株DR13的第20695位核苷酸处均找到了重组的证据.这些毒株可能可以推断为重组毒株,但是这些重组信号仅位于同一大分支下的不同小分支之间.尽管DX株也存在检测断点,但是Recco程序运行严格P检验结果提示,这些重组信号可能为假阳性. 在分析中,发生重组的案例似乎较少,但CH/FJND-3/2011毒株经鉴定是以DR13减毒活苗毒株为代表的分支毒株与变异毒株的重组毒株.在PEDV一旦爆发则难以控制的今天,接种包括减毒疫苗在内的新型疫苗被认为是主要预防措施.但研究表明,减毒疫苗的生物安全性有待进一步探讨,尤其在中国和美国这些以IA2型野毒株占主导地位的国家.其他很多国家已经将减毒疫苗用于常规的疫苗接种程序,而这株嵌合毒株的流行病学和毒力信息仍然无从知晓,因此必须严格控制这株新型变异毒株.