【摘 要】
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非小细胞肺癌是一种常见的肺癌类型(约占85%),大多非小肺癌患者临床症状不明显,确诊多为晚期,预后不良。越来越多证据表明环状RNA(circRNA)参与到各种癌症的发生发展的调节中,本研究旨在通过生物信息学分析非小细胞癌差异表达的circRNA,寻找非小细胞肺癌新的circRNA生物标志物。通过利用高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus(GEO))联合分析GSE158
【出 处】
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年中国肿瘤标志物学术大会暨第十五届肿瘤标志物青年科学家论坛论文集
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非小细胞肺癌是一种常见的肺癌类型(约占85%),大多非小肺癌患者临床症状不明显,确诊多为晚期,预后不良。越来越多证据表明环状RNA(circRNA)参与到各种癌症的发生发展的调节中,本研究旨在通过生物信息学分析非小细胞癌差异表达的circRNA,寻找非小细胞肺癌新的circRNA生物标志物。通过利用高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus(GEO))联合分析GSE158695,GSE112214,GSE101684,GSE101586四个非小细胞肺癌芯片表达数据,合计17对样本。通过R包RobustRankAggreg最终实现四个不同芯片表达分析,得到80个差异表达circRNA,其中8个circRNA上调,72个circRNA下调。生物信息学分析发现hsacirc0061817在非小细胞肺癌中表达下调,进一步通过starbase预测hsacirc0061817结合的miRNA,得到45个潜在结合的miRNA。随后通过对TCGA数据库中肺癌miRNA基因表达数据进行分析,分析得到132个miRNA表达下调,603个miRNA表达上调。联合starbase预测与TCGA数据库中肺癌miRNA基因表达数据,最终得到可能与hsacirc0061817结合且与肺癌进展相关的mi RNA共6个(包括:hsa-miR-148a-5p,hsa-miR-1910-3p,hsa-miR-3677-3p,hsamiR-424-5p,hsa-miR-15b-5p,hsa-miR-145-3p),随后通过mirPath的KEGG和GO分析发现hsacirc0061817可能通过与hsa-miR-148a-5p结合参与半乳糖代谢,细胞间隙连接,N-糖苷合成,干细胞多能性及TGF-β信号等相关信号通路来调控NSCLC发展的进程。
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