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大部分常见的棉花土传病是由真菌引起的,这些土传病的发病受多种因素影响.本研究利用二代测序技术对种植在多年棉花连作大田土和营养土中的棉花根际真菌在苗期、蕾期、花期的真菌群落结构变化进行研究,并且与未种植过棉花的2种土壤中3个发育时期的根际真菌群落比较.分析了2个棉花栽培种在大田土和营养土中根际真菌物种丰富度、多样性和群落结构差异以及分别在3个不同发育时期的变化情况.2种土壤中相对丰度较高的主导菌门为Ascomycota、Basidiomycota和Zygomycota,受棉花根系影响最大的菌群为Basidiomycota.土壤条件是决定根际真菌群落的关键因素,土壤本底微生物和理化性质在根际真菌群落结构形成过程中都发挥重要作用.α多样性分析表明营养土中的真菌α多样性显著高于大田土,但是大田土中根际土α多样性受到促进,高于受到抑制的营养土根际土.并且各致病菌相关菌属如Verticillium、Altemaria和有益菌如溶磷菌相关菌属Penicillium的丰度在大田土根际土中受到促进,高于非根际土,而在营养土根际土中受抑制程度低于非根际土.发育时期是影响根际真菌群落的另一个重要因子,每个发育时期都有其特异性的优势菌属.此外,致病菌都有发育时期的特异性,在大田土中Rhizoctonia、Alternaria在苗期,Thanatephorus、Verticillium、Gibberella、Fusarium在蕾期在根际土中丰度显著增加.在营养土中,Rhizoctonia在蕾期、Gibberella在花期根际土中丰度显著增加.推测这些菌属相关的土传病在对应的时期发病率会较高.本研究揭示了棉花根际真菌群落组成及其动态变化规律,为提高棉花甚至是其他易受土传病影响的作物的防御能力,减少发病率奠定基础.