植物拥有丰富多样的微生物组,这些微生物很可能是植物健康和生产力的重要决定因素。基于高通量测序技术对湖南省慈利县、四川省旺苍县和贵州省遵义市3个产地杜仲根际及药用树皮的微生物组进行检测。结果显示,杜仲根际土壤真菌包括6个门,22纲,59目,103科,108属,550个OTUs;药用树皮真菌包括3个门,10纲,25目,41科,57属,101个OTUs;药用树皮细菌包含了9个门、11纲、22目、28科、31个属,37个OTUs。结合生物信息学相关软件和手段,进一步对药用树皮核心微生物组加以分析,结果显示,在属的分类水平上,核心微生物组共涉及21个类群,其中包含11个核心真菌组及10个核心细菌组,其中大多数成员为植物密切相关的微生物类群,如毛壳菌属Chaetomium、镰刀菌属fusarium真菌、假单胞菌属Pseudomonas、鞘脂菌属Sphingobium及根瘤菌Rhizobium等。不同产地杜仲真菌的生态功能群主要包含木腐菌、植物病原菌、内生菌、寄生菌等,细菌的COG功能主要涉及一般功能基因、信号传导机制、复制、重组和修复、细胞壁、细胞膜合成、氨基酸的转运和代谢、无机离子转运与代谢等。相关性揭示了杜仲药用树皮及根际部分微生物与绿原酸、松脂醇二葡萄糖苷、京尼平苷和京尼平苷酸等药理活性成分存在相关性,这在一定程度上反映了此类微生物可能在杜仲树皮药理活性成分的形成中起着重要作用。该研究为探寻杜仲有益微生物、优化生长和生产效率,实现民族药材的可持续发展奠定基础。