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主体功能区划是编制主体功能区规划的重要组成部分和基础，也是落实相关区域政策的空间依据。目前，关于主体功能区划分方法已有相关研究，而且实践研究正逐渐增多。但由于系统的复杂性以及不确定性因素的影响，在主体功能区的划分原则与依据等方面尚未达成共识，尤其是在划分标准方面，还没有形成一套成熟的指标体系，研究中确定评价标准存在主观性的问题。