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在后危机时代,我国不同地区国家高新区的创新效率出现了日益严峻的两极分化发展趋势.对此,使用基尼系数定量地测度了中国整体上以及东、中、西部地区国家高新区创新效率不均衡的现状与发展趋势.并通过基于回归的不平等分解发现：科技企业孵化器密度、研发费用支出强度、企业所获金融支持、孵化基金投入强度和企业国际化能力分别以35％、29％、22％、8％、6％的贡献率,依次为导致不同地区国家高新区创新效率发展不均衡的最重要因素.在此基础上,对改善国家高新区创新效率两极分化的发展趋势提出了科学客观的政策建议。