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对5组合成的C富集寡核苷酸片段在六氟异丙醇或三乙胺醋酸缓冲系中进行高压液相梯度洗脱和飞行时间质谱扫描，发现5端碱基的疏水性影响寡核苷酸片段保留时间和总离子强度；六氟异丙醇缓冲系易产生较高电荷态的分子离子，三乙胺醋酸缓冲系则以低电荷态分子离子为主；高电荷态的母离子更易产生单个碱基的子离子，而低电荷态的母离子更易产生序列离子。可见LC-MS能对寡核苷酸片段的碱基相对含量、碱基的序列顺位进行判断，定性研究片段结构特征。