目的：从基因组学角度探讨“足三里”穴位局部接受艾灸刺激后的基因表达谱响应特征，为回答穴位局部在艾灸刺激后分子水平作用原理提供实验依据，为进一步筛选艾灸作用的分子靶点奠定基础。方法：24只SD大鼠随机分为空白组、空灸组、模型组、模灸组；以局部注射完全弗氏佐剂诱导佐剂性关节炎模型；空灸组和模灸组“足三里”穴温和灸15min 后，取“足三里”穴位局部组织，用27K大鼠全基因表达谱芯片进行杂交检测“足三里”穴位对艾灸刺激响应的基因表达谱，用SAM软件筛选差异表达基因；用实时荧光定量PCR检测目的基因表达值以验证芯片检测结果；用MAS 系统对差异基因进行信号通路富集度等生物信息学分析。结果：共筛选出生理状态下差异表达基因217个，病理状态下498个。生理、病理状态下，共表达差异基因27个。生理状态下差异表达基因富集的信号通路11个（p＜0.001），主要为为雄雌激素代谢、药物代谢-酶、焦点粘连、细胞色素P450介导的外源性物质代谢等；病理理状态下差异基因富集的信号通路21个（p＜0.001），主要为抗原加工与递呈、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、细胞黏附分子、补体与凝集级联反应、细胞周期等。结论：“足三里”穴位局部对艾灸刺激的应答具有多基因、多信号通路特征。生理状态下“足三里”穴位局部对艾灸刺激应答基因可能首要富集于代谢相关的信号通路，病理状态下则可能首要富集于免疫相关信号通路。Hsp、Mcpt8、Trpv2、Trpv3可能是穴位对艾灸刺激响应研究的潜在靶点。