萝卜常受到黑腐病的危害,造成产量和品质的严重损失。了解萝卜抗源对黑腐病菌侵染的表达反应特征,挖掘萝卜黑腐病抗性基因,进而解析萝卜抗黑腐病机理,对制定有效的萝卜遗传改良策略和病害综合防治方案具有重要意义。以高抗黑腐病自交系P31和感病自交系P34为试验材料,以黑腐病菌9号生理小种Xcc8004为接种病原菌,利用剪叶和喷雾相结合的方法侵染萝卜幼苗叶片,分别对接种0、1和3 d的叶片RNA进行转录组测序。3个生物学重复,每个生物学重复3个处理单株混合取样。分析抗感材料接种黑腐病菌前后不同时间点的基因差异表达的情况。数据分析表明:抗病材料P31和感病材料P34在病菌接种前后基因表达差异明显。P31和P34之间在3个时期显著差异表达基因分别有11 848个(6 284个上调表达,5 564个下调表达)、10 530个(5 635个上调表达,4 895个下调表达)和11 254个(5 589个上调表达,5 665个下调表达)。KO富集分析发现,在植物病原菌互作(Plant-pathogen interaction)通路和植物MAPK信号通路(MAPK signaling pathway-plant)两个关键抗病代谢通路中,抗病材料P31病程相关蛋白PR1相关基因Rs151980、Rs538750、Rs538810和Rs274760的表达量都显著高于感病材料P34,其中基因Rs274760在抗病材料表达丰度最高,同时注释结果表明该基因直接参与了植物抵御病原菌感染的过程,与PR1相关的多个途径也证明了这一结果。此外还发现,同一材料PR1蛋白相关基因接种后的表达水平都显著高于病菌接种前的表达水平,由此推测PR1相关基因表达水平的高低决定了植物本身的抗病能力。共表达分析发现PR1相关基因的表达受到上游的elf18(MSTRG.47306)、BAK1(Rs274920)、EFR(Rs402930)、MEKK1(MSTRG.45339)和MKK3(MSTRG.45748和MSTRG.13202)等相关蛋白或者基因的诱导,从而起到防御病原菌侵染的作用。而且结果分析表明,乙烯、过氧化氢的部分代谢途径相关基因也参与了萝卜抗黑腐病过程,进一步说明萝卜抗黑腐病是一个复杂的过程。