由致病疫霉菌(Phytophthora infestans)引起的晚疫病已成为马铃薯的一种毁灭性病害，严重威胁着甘肃省马铃薯的安全生产.病原菌群体结构的组成与变化直接影响病害的发生与流行.因此，了解病原菌群体结构，分析其变异潜能，对指导病害防控具有重要意义.本研究比较分析了8个SSR标记(PI02、PI4B、PI63、SSR4、SSR8、SSR11、D13和G11)和基于RG57探针的DNA指纹分析方法，对42个分离物的指纹分析结果表明，两种遗传标记揭示病菌遗传多样性非常接近；对单游动孢子系的分析表明其良好的遗传稳定性.由于这些SSR标记独立遗传特征以及简便快速的分析方法，进一步确定了采用这8个SSR标记规模分析晚疫病菌群体，以更为系统、客观地反映其群体遗传特征.我国马铃薯总产量居世界第一位，其中甘肃省是我国重要的马铃薯种薯生产区和商品薯种植大省.2008年和2009年度在甘肃省马铃薯主栽区系统采集病样并分离获得了大量致病疫霉菌分离物，对其中246个分离物的分析结果初步表明，晚疫病菌的遗传多样性比较丰富，并且在时间和空间分布上有明显的差异，进一步的分析正在进行之中.