猪结肠小袋虫病发病的季节都是在春季，多发于培育猪和育成猪，但以断奶后仔猪的易感性最强，感染率20％～100%不等。病猪和带虫猪是本病的主要感染源；在发病的猪场的母猪的新鲜粪便中也检查出了小袋虫的滋养体。而其他带虫动物（牛、羊、犬等）也可传播病原。本病主要通过消化道而感染；其发生与否多与饲养管理不良、季节变化无常、猪体抵抗力降低大等因素有明显的关系。从调查中发现，小袋虫的致病力并不太强，但当仔猪发生猪结肠小袋虫病时，由于沙门氏菌病感染或由于其他因素的作用而使猪体的抵抗力降低时，即造成有利于猪结肠小袋虫大量繁殖的环境，导致溃疡性结肠炎的发生，使病情加重。另外，从江苏省购进的仔猪，猪结肠小袋虫与沙门氏菌病混合感染，使病情加重，死亡率较高，可能是在江苏省本病较重。另外，猪结肠小袋虫可感染人，造成结肠和H肠的深层发生溃疡，并引起顽固性卜痢，猪场饲养管理人员应注意个人卫生，防止经口感染而造成严重后果。