【摘 要】
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拉萨裂腹鱼是中国西藏的一种名贵经济裂腹鱼亚科鱼类。由于过度开发和生物入侵,它被评为中国脊椎动物红色名录中的脆弱物种。本研究对来自三尾成年拉萨裂腹鱼的混合组织的转
【机 构】
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西南大学动物科学学院; 淡水鱼类繁育与健康养殖教育部重点实验室;
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拉萨裂腹鱼是中国西藏的一种名贵经济裂腹鱼亚科鱼类。由于过度开发和生物入侵,它被评为中国脊椎动物红色名录中的脆弱物种。本研究对来自三尾成年拉萨裂腹鱼的混合组织的转录组进行测序和分析。使用Illumina Hiseq4000平台的配对末端读数,组装了N50长度为2337bp的83103个转录物,其可以进一步聚集成66975个N50长度为2087bp的unigenes。大多数unigenes(58934,87.99%)被7个公共数据库成功注释,15个KEGG免疫相关基因途径被鉴定用于后续的功能研究。此外,从14690个unigenes(21.93%)中检测到19497个1-6bp单位长度的假定简单序列重复序列(SSR),平均分布密度为1:3.28kb。我们鉴定了3590个包含有一个以上SSR的unigenes(5.36%),在功能基因中提供了丰富的潜在多态性标记。这是首次报道的拉萨裂腹鱼高通量转录组分析,它将为参与拉萨裂腹鱼的免疫系统、遗传保护和分子标记辅助育种等生物过程的功能基因提供宝贵的遗传资源。
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