连珠山金矿床位于小兴安岭北麓，乌拉嘎断陷盆地的西侧的佳木斯地块与松嫩地块之间的小兴安岭中部岩浆构造带上，是一个经历了古亚洲洋构造域演化以及环太平洋板块的俯冲和叠加增生作用的成岩成矿构造区。矿区内以发育侵入岩为特征，主要岩性有黑云母二长花岗岩、石英闪长岩、闪长玢岩、花岗细晶岩等，其中以石英闪长岩、闪长玢岩为主的中酸性脉岩呈小的岩株或岩脉侵入于黑云母二长花岗岩中。矿体空间分布及形态受构造-蚀变的严格控制，呈薄板状、凸镜状赋存在各类蚀变强烈的中酸性脉岩中，矿体与围岩无明显界线；围岩蚀变主要有(黄铁)绢英岩化、绢云母化、硅化和碳酸盐化等，其中(黄铁)绢英岩化与成矿关系最为密切，主要发育在中酸性脉岩与黑云母二长花岗岩的接触带内；依据矿化脉的相互穿插关系和矿物共生组合特征，可将成矿过程可划分为4个成矿阶段： (Ⅰ)石英-白钨矿阶段； (Ⅱ)石英-黄铁矿阶段； (Ⅲ)石英-多金属硫化物阶段； (Ⅳ)石英-方解石脉阶段。