在多元文化碰撞与科学发展的潮流冲击下，中医理论学科出现了学术探索模式的分化，可概括为整体论、还原论和复杂性3个模式。整体论模式包含文献研究和临床研究两个路径，还原论模式包含实验研究和临床研究两个路径，复杂性模式也包含实验研究和临床研究两个路径，合计6个类型.整体论模式具有实践优位的价值倾向与综合体验的认知特征，注重对事物的宏观准确把握，强调主体、客体与环境之间的关系。还原论模式则具有理论优位的价值倾向与分析实证的认知特征，注重对事物的微观精确把握，强调主体、客体与环境的独立性及各自内部的结构特征。复杂性模式的特征是融合整体论与还原论模式，力图保留两者优点，克服两者缺点。文献研究、实验研究与临床研究三个路径之间表现出与三个模式之间价值倾向与认知特征互补不同的功能互补特质，体现出彼此印证的规律。文献研究尽管在不同模式中都有运用，但在整体论模式中地位尤为重要；实验研究在还原论与复杂性模式中均有体现，但特征各异；临床研究在整体论、还原论和复杂性模式中都不可或缺，但表现形式却大相径庭。不同研究类型的学术价值总体而言是平等的，但在特定情形下又是不同的，需要对其创新贡献度从三个方面予以评价。