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克罗恩肛瘘经过数年的进展会损伤肛门括约肌，导致肛门失禁，严重时需行直肠切除术。细致的肛管直肠检查、MRI影像诊断和麻醉状态下探查能正确评价脓肿和肛瘘的情况。理想的治疗方法是选择合适药物与外科手术相结合。伴有胃肠道炎症的患者必须结合药物治疗。甲硝唑和环丙沙星是治疗克罗恩肛瘘的一线用药，Infliximab是治疗并维持症状消失的最有效药物。低位单纯性肛瘘可采用瘘管切开术。复杂性肛瘘患者必须个体化治疗，通常是局部手术联合药物治疗，目的是治愈肛瘘或减轻症状且能够维持患者正常的控便功能。然而，选择正确的手术方法和药物治疗比较困难。