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微卫星序列(microsatellite)或SSR(simple short repeat)是最具长度变异的基因组序列之一；SNP (single nucleotide polymorphism)是基因组序列中能在种系间稳定遗传的具有多态性的同一位点的单核苷酸。基于这两类序列开发的分子标记是目前最流行的进行生物基因组组装、基因发现、遗传图谱构建、基因功能研究、性状定位和分子育种的最重要工具。然而基于基因组水平的分子标记开发和应用尤其是SNP分子标记在国内还是处于非常落后的状态。在这里结合我们的科研实践，报道SSR和最新SNP分子标记的快速开发和应用的几个例子：四倍体作物Switchgrass的SSR分子标记的开发和遗传图谱的构建；基于SNP的六倍体小麦基因组特异的基因表达研究；基于重测序获得的SNP和GoldenGate SNP array开发以及在谷子(Setaria)的图谱构建、基因组装和QTL性状关联位点的分析的应用。希望这些经验对我国的粮食作物的基因组研究和分子育种和品质改良有重要指导和借鉴意义。