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第二代高通量测序方法广泛的应用于微生物基因组研究,但第二代短reads测序方法对于较多重复片段的基因组测序结果处理能力有限.近期本实验室对一株产生重要药物的细菌进行基因组测序,该细菌基因组大小4Mb,GC含量67.9％。首先采用第二代中的Illumina技术进行测序，组装之后得到6条scaffold，其中contig为518条，结果已经非常不错。同样这对这株细菌，也同时采用了Pacific Biosciences公司最新推出的第三代单分子测序技术进行了测序，直接得到的3条scaffold，而且通过三代测序结果的进一步分析，认为这3条scaffold其中一条3.8Mb是环形基因组，而另外两个是167 Kb和47 Kb的质粒。第三代测序技术同时还可以得到整个基因组核酸被修饰的情况，通过分析测得整个基因组中含有6-mA修饰位点9459个，4-mC修饰位点4336个，并精确确定被修饰碱基的位置。