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为正确评估中国医药工业自主创新能力，从而提出切实可行的激励政策，本文对开放条件下医药工业的创新投入和创新产出现状进行全面分析。通过构造10个指标对5个子行业的内外资企业在1995～2005年的创新投入产出情况进行对照比较，发现医药工业创新经费投入有限，创新人才作用发挥不足，以国内市场为主、出口能力较差；内资医药企业自主创新能力逐步提高，但创新产出仍偏低，专利竞争劣势明显；外资医药企业和国际医药企业凭借技术和资金优势垄断国际市场，抢滩国内市场。鉴于此，我们应更好地利用开放条件来推动医药工业提高自主创新能力，拓宽创新经费融资渠道，加大人才培养和梯队建设，积极摸索有效的产学研联盟方式，做好创新过程的内部衔接工作。