【摘 要】
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在双链DNA微阵列芯片研究中发现,转录因子NF-κB对单核苷酸突变位点——GGGACTTTAC仍然具有较高的亲合性,推测该位点可能是NF-κB的潜在结合位点,与该位点毗邻的基因有可能是
【机 构】
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东南大学生物电子学国家重点实验室 南京 210096
【出 处】
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第四届国际系统生物信息与中医药学术研讨会
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在双链DNA微阵列芯片研究中发现,转录因子NF-κB对单核苷酸突变位点——GGGACTTTAC仍然具有较高的亲合性,推测该位点可能是NF-κB的潜在结合位点,与该位点毗邻的基因有可能是NF-κB的潜在靶基因.通过对人基因组的扫描,发现该位点在基因LTBP1上游有分布,因此,推测LTBP1可能是转录因子NF-κB的一个靶基因.LTBP1基因编码产物为潜在性转移生长因子β(TGFβ)结合蛋白1,为潜在性TGFβ结合蛋白家族成员.LTBP1蛋白能结合潜在性TGTβ,调控其功能.因此,LTBP1对TGFβ/Smad信号通路具有调控功能.但通过文献检索,发现没有NF-κB调控LTBP1的报道.这促使产生了对该基因表达调控进行进一步研究的愿望.在设计相关的湿实验进行实验研究前,对该基因的调控区域(-4000bp-+1000bp)进行本文报道的详细的生物信息学分析,包括调控区甲基化位点、启动子及调控性转录因子结合位点.结果显示人LTBP1基因调控区含有丰富的CpG岛,属于典型的CpG岛相关基因;其调控区还有多个可能参与转录调控的重复序列(Alu等)、3个潜在的启动子区段,以及多个调控性转录因子(Sp1、GATA-1、NF-κB、AP2、AP4、CEBP等)的结合位点.这些结构说明,LTBP1的表达受到精密的调控.本文研究结果为进一步的实验研究奠定了基础.
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