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荔枝主要病害为露疫病(Peronophythora litchii Chen ex Ko et al),酸腐病(Geotrichum candidum Lk. ex Pers.及Geotrichum ludwigii (Hansen) Sin-FangTzu & Cheng Jing-Chu)及褐根病(Phellinus noxius (Comer) G. H. Cunnigham)。危害最严重病害，首推露疫病，本病尤其于果实即将成熟时，遇上过长之梅雨季，发病最为严重。荔枝酸腐病菌于1995年在台湾南投水里地区引起严重之荔枝酸腐病。而褐根病菌为多犯性，寄主超过200余种。