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本研究通过大数据量的系统进化分析和流行病学背景研究，分析三个不同的流行期是单一种群毒株再流行的结果还是不同流行期是由不同种群毒株流行引起的。通过对不同毒株群的不同流行期的地理分布的变化分析显示ChinaⅠ群在第三个流行期内逐渐占据主导地位。然而，随着狂犬病向新的流行区域扩散，ChinaⅠ群逐渐流行开来，而ChinaⅡ群仍局限于中国南部。ChinaⅡ群在第三个流行期的早期阶段流行并已在野生动物中建立，说明ChinaⅡ群在第二个流行期内也代替了之前的毒株群。中国狂犬病病毒种群替换可能是第一和第二个流行期间通过全国范围的灭犬运动控制狂犬病的结果。