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本文运用DEA方法对1998-2006年间国家创新系统中企业、高等院校和科研院所等三类创新主体的R&D效率进行了评价和比较分析。实证结果表明，虽然企业的R&D投入高，但其R&D效率相对无效，且规模收益递减;高校的R&D效率从2001年开始相对有效;研究机构在完成改制后，R&D效率也是相对有效的。在此实证研究的基础上，本文提出，在国家创新系统中高校、研究机构与企业应广泛开展人才交流、合作研究，促进知识在国家创新系统中的流动;科技中介机构应在创新系统中充分发挥纽带、桥梁、组织、协调作用，使得各种研究成果可以迅速的推向企业;政府应加强的调节功能，合理配置科技资源，从而提高国家创新系统的创新优势。