肛瘘手术方法多样，手术的关键是正确处理内口，主管及支管。但在手术治疗的原则中，既要减少肛门括约肌的损失以保护肛门功能，同时又要彻底清除感染源以达到根治的目的。因此在治疗中如果一味追求治愈率，则会出现较高的肛门失禁率;而为了减少失禁率，又会导致治愈率偏低。在临床工作中，肛瘘的外科治疗常有术后复发及肛门失禁，报道的发生率分别为0％-32%及0%-63%。因此保留括约肌的手术因为能够在最大限度保护肛门功能的前提下治愈肛瘘，从而成为目前治疗肛瘘的主流术式。如经括约肌间瘘管结扎术(Ligation of the inter-sphincteric fistula track, LIFT)、直肠推移皮瓣(Advancement flaps)、生物材料填塞等，在肛瘘的手术治疗中均取得了一定的成功。在肛瘘的治疗上，众多结直肠外科学者的共识就是手术治疗不应一味追求彻底治愈率，应在拟定治疗方案权衡括约肌损伤的程度、术后功能损伤状态并尽量减少并发症、缩短愈合时间。