长期以来，生物信息学这一快速发展的学科一直致力于利用多种组学数据并提出多种算法，力图解析疾病发生机制并进而助力于提升新药研发速度和质量。然而，历经四十余年的发展之后，我们仍然需要十分冷静地看到这一残酷的现状，即目前生物信息学除过对于生命起源、分子进化等领域提供了重要科学依据之外，然而对于疾病防诊治方面的密切相关的新药研发却并未带来实际的、巨大的促进作用，尤其是随着基因组学、蛋白质组学、代谢组学以及宏基因组学等催生了大数据时代的到来，即便是大量的力量不断投入到了大数据分析领域，包括高性能、大规模、并行化计算机的广泛应用，然而在生物信息学的驱动下，真正能够用于有效防治包括肥胖、糖尿病、肿瘤等慢病爆发式增长的药物却是寥寥无几，被美国FDA以及中国CFDA等批准的基于生物信息学的新药也是寥若星辰。针对此问题，我们迫切需要认真思考并仔细梳理其中的原因，而不是一味地投入力量进行跟风式研究。