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社会科学研究"方法意识"与"问题主义"的争辩长期存在,在跨学科成为社会科学研究大趋势的情势下,二者关系应该如何重新理顺并合理性建构,解决根本实质是重回社会科学本体论的理论视野.本文以跨学科视角下公共政策量化研究和农村治理为例,分别阐释了方法与问题的逻辑关系和实质内涵,指出社会科学跨学科研究应是在遵循问题本体意识主导下,最终面向中国社会的现实实践的基本路径.