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杂种优势利用远缘杂交后代在适应性等方面具有超过亲本的表现，遗传学家提出了关于杂种优势的显性假说以及超显性假说两个经典理论假说和其他新型解释。随着分子标记技术的发展、植物基因组研究和高密度分子标记连锁图的构建，特别是像水稻等全基因组测序的完成，为数量性状位点(QTL)转化为作物经典育种易于操纵或遗传工程可以克隆的遗传单位提供了可能，从而使育种家从操作数量表型过渡到数量基因型，为杂种优势的遗传基础理论研究提供了有力的手段。在实践中，许多优良性状值得考虑，诸如植株高度、早花期，它们都是隐性性状。因此应保存一些有潜在改良性状的隐性纯合体;尽可能多地丰富遗传多样性，以实现从亲本上获得最大限度的优良性状。