微型反向重复转座子(MITEs)是一类截短的非自主DNA 转座子,并广泛地分布于真核生物基因组中。然而,基于全基因组的微孢子虫MITEs 转座子的鉴定、起源和进化仍不是很清楚。本研究应用MITE-Hunter 软件对家蚕微孢子虫、柞蚕微孢子虫和东方蜜蜂微孢子虫的全基因组进行MITEs 转座子的鉴定。在三中微孢子虫基因组中分别鉴定到89 个,17 个和5 个MITEs 家族。在家蚕微孢子虫和柞蚕微孢子虫中发现有三个MITEs 家族(NbT2-NaT8,NbT8-NaT6,NbS2-NaS2)起源于共同的祖先。通过对家蚕微孢子虫MITEs 序列的分化度和进化分析,表明某些MITEs 家族经历了一到多轮的快速扩增。同时,我们发现一些MITEs 转座子作为内含子插入到基因内部在家蚕微孢子虫。家蚕微孢子虫NbS31 和NbS24 家族在不同地理株系间存在插入缺失多态性,表明这二个MITEs 家族可能近期发生了跳跃。此外,在家蚕微孢子虫中我们发现大量MITEs起源的小RNA,并且这些小RNA 主要起源于MITEs 序列的两端。本研究表明MITEs 转座子广泛地分布于微孢子虫基因组中,某些家族可能经历了近期的快速扩增,MITEs 转座子在基因调控和基因组进化都中扮演者重要的角色。