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细菌和古菌等原核生物不断地遭受外界病毒的侵染以及水平核酸转移,成簇的且有规律间隔的短回文重复序列和它的辅助蛋白(Cas)构成了原核生物一个重要的免疫防御系统—CRISPR/Cas系统.该防御过程主要包括三个阶段：(1)间隔区的获取,通过核心蛋白Cas1和Cas2的作用,来源于外源入侵的核酸片段(即Spacer)被获取,并插入到CRISPR位点.(2)crRNA表达,该片段被转录加工为成熟的crRNA,并与相关的Cas蛋白形成复合物.(3) crRNA干扰,成熟的crRNA引导RNA-Cas蛋白复合物识别携带有与该段序列互补的外源核酸,最终将其降解.crRNA表达和干扰两个阶段的分子及功能机制已经被揭示的非常透彻,而整个间隔区的获取过程却有待于更进一步的研究.