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在代谢组学研究中，通常使用化合物的精确分子量，二级质谱数据对进行数据库的检索以完成化合的鉴定。其中，化合物的串联质谱数据可以有效地提高化合物鉴定的准确性，所以现有大量的研究致力于提高代谢组学样品分析中化合物串联质谱信息的覆盖率。在非目标代谢组学研究中，数据依赖性扫描通常被用来获取化合物的二级质谱信息。