【摘 要】
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我们以蛋白质主链骨架Cα原子的键角κi和扭转角τi为变量,其Helmholtz自由能函数[1]表示为E=ΣNi=1{-2κi+1κ+ 2κi2+ q(κi2-m2)2+d/2κi2τi2-ατi+c/2ti2} (1)其中参数
【机 构】
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北京理工大学物理学院,北京100081北京理工大学物理学院,北京100081;DepartmentofPhysicsandAstronomy,UppsalaUniversity,P.O.Box803,
【出 处】
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第十七届全国原子与分子物理学术会议
论文部分内容阅读
我们以蛋白质主链骨架Cα原子的键角κi和扭转角τi为变量,其Helmholtz自由能函数[1]表示为E=ΣNi=1{-2κi+1κ+ 2κi2+ q(κi2-m2)2+d/2κi2τi2-ατi+c/2ti2} (1)其中参数(q,m,d,a,c)根据具体的蛋白质确定.将能量函数(1)对键角求偏导,可得到一个广义离散非线性薛定谔方程[2-3]κi+1=2κi-κi-1+dVpot[κ]/dκi2κi i=1,2,…,N(2)其中Vpot=a/c+dκ2+2(1-qm2)κ2+qκ4为有效势,它的第二、三项有对称性破缺双阱式的常见形式.在对称破缺情况下,其基态描述规则的蛋白质二级结构,例如标准α螺旋和β折叠.
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