本研究首先应用Solexa测序技术，利用paired-end结合mate-pair的方法及SOAPdenovo组装软件对该菌株进行全基因组测序和拼接，其全基因组大小为45.70MB，GC含量36.99％。通过基因预测软件测得基因17676个，与各数据库比对，共注释基因13243个。经进化树分析与同源基因的比较发现，华根霉基因组与目前己完成基因组测序的仅有的三株接合菌之间存在较为显著的差异，序列相似性普遍偏低，但同源基因的相似性大多在60％左右。基因功能和代谢网络分析表明，60％以上的功能基因主要与遗传信息、能量代谢等维持正常生长发育相关；在次级代谢方面，具较强的生物异源物质降解能力。在全基因组数据基础上，针对目前所报道的主要真菌毒素，从合成代谢途径及关键基因的角度，分析考察了华根霉(及其内共生菌)合成主要真菌毒素的潜在可能性。根霉毒素(根霉素与小抱根霉素)及其他主要丝状真菌毒素，主要合成代谢途径包括PKS.NRPS与PKS-NRPS混合代谢途径，菇类化合物代谢及其他代谢途径。在华根霉中仅存在较少PKS聚酮合成途径基因，不存在非核糖体多肤途径NRPS大环肽类结构物质合成的相关基因。测序数据分析表明华根霉中可能存在的内共生菌也与报道的根霉真菌毒素产生菌—Burkholderia菌存在较大差异。结果表明，华根霉不具备产目前己知的主要真菌毒素的关键基因与能力，其发酵产品是安全的，而且对一些具有毒性或抑菌作用的萜烯类、芳香类等化合物具有降解功能，是发酵工业应用中相对安全的生产菌。