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采用毛细管电泳检测平台，基于棉花SSR多色荧光标记技术构建了我国部分棉花主栽品种的DNA指纹库，分析了实验中出现的3种主要特异峰峰型(尖锐单峰、连续多峰与N+1峰)，对棉花杂交种杂合峰的3种表现形式与荧光多重PCR组合建立的基本原则进行了总结，构建了棉花SSR四重PCR组合。比较了毛细管电泳检测平台与常规聚丙烯酰胺凝胶电泳检测平台各自的优缺点，探讨了2种检测平台结合使用的方式。开发了棉花DNA指纹数据库软件管理系统，实现了品种信息查询、品种比较、亲子鉴定、特异性鉴定与指纹图谱绘制五大基本功能。对138份入库材料的基因型一致性进行了分析，并对4种类型的同名品种进行了指纹比对，结果表明，品种内的遗传变异度均在0～2个差异位点，初步提出了不同棉花品种间的差异判别标准。简单介绍了DNA指纹库在品种区试、品种保护与市场监管中的应用前景及棉花DNA指纹数据构建面临的难点。