横断山脉地区是众多物种的分化中心,许多物种在该区域发生了快速辐射进化,形成了许多进化关系较近,形态差异明显且不完全生殖隔离的近缘类群。然而,这些近缘种间是如何维持各自的形态特征,鲜有研究。大花象牙参(Roscoea humeana)和早花象牙参(R.cautleyoides)仅分布于横断山脉地区,二者形态差异显著。我们的前期研究发现两物种间存在杂交带,且形成了杂交个体,说明两物种间有基因流的发生。为了进一步探讨两物种种间关系的维持机制,我们利用两个cpDNA片段和nrITS分析了种间基因谱系进化关系,利用分子钟(BEAST)和隔离-迁移模型(IM)估算了基因谱系的分化时间和基因流的方向,通过物种分布模型(SDM)推测种间是否存在生境的分化。研究结果显示,基因树和物种树完全不一致,种间不存在显著的遗传分化,种间可能发生了基因渐渗,且基因流的方向主要是由低纬度分布的早花象牙参到高纬度分布的大花象牙参;cpDNA的初始分化发生在更新世,暗示两物种的分化可能受到更新世气候变化的影响;无论是在末次冰期还是当今,两物种间均存在显著的生境隔离,说明两物种的种间差异很可能是不同生境选择的结果。