目的：检测一个中国重型智力低下家系的基因组拷贝数变异和X染色体家系连锁分析,寻找其发病的分子遗传学基础. 方法：以一个重型智力低下家系为研究对象,共6名患者,收集患儿及其正常父母、姐姐、姨、舅舅外周血标本,常规提取基因组DNA,应用Agilent4×180CNV+SNP定制芯片对1名先证者进行全基因组高分辨率扫描分析,应用实时荧光定量PCR、Agilent8×60CNV+SNP定制芯片和多重连接探针扩增技术(MLPA)明确家系其余成员是否携带MECP2微重复.选择AR基因CAG多态性位点,对家系所有女性成员完成X染色体失活分析(XCI),同时对家系成员携带的X染色体进行家系连锁分析.最后选择MECP2基因的GT多态性位点进行短串联重复分析(STR),进行家系成员X染色体家系连锁分析. 结果：Agilent4×180CNV+SNP定制芯片检查提示先证者Xq28区域内存在MECP2,LICAM,FLNA等基因微重复(chrX:153056054-153606328,550kb,hg19)患者表型有重度智力低下、癫痫、孤独症谱系障碍、反复感染、便秘、共济失调、发育倒退、语言缺失、婴儿期肌张力低下等，符合hlECP2微重复综合征诊断标准。实时荧光定量PCR,Agi1ent8×60CNV+SNP定制芯片和MLPA验证家系所有成员，共发现8名MECP2微重复携带者，4名男性、4名女性，男性携带者临床表现与先证者相似，女性携带者均无异常临床表现，2名患者由于早期死亡，未能完成检查。XCI分析所有女性携带者均为X染色体不随机失活，所以女性非携带者均为X染色体随机失活。每个患者所携带的AR基因的CAG峰位置不同，每个女性携带者主要失活的X染色体的CAG峰位置亦不同。STR分析发现所有携带者GT峰的位置均在292或有1个峰的位置在292，而非携带者GT峰的位置均非2920先证者FISH分析提示先证者为MECP2 2倍体重复，非3倍体重复。 结论：X染色体上MECP2基因微重复为该家系智力低下患儿的遗传基础，此家系所有患者的MECP2微重复均为母系遗传。MECP2微重复综合征是一种严重的神经系统疾病，主要临床特征为重型智力低下、癫痈、婴儿期肌张力低下、语言发育迟缓或语言缺失、反复感染、便秘、孤独症谱系障碍、发育倒退等，多在30岁前死亡。本研究中家系携带者之间的X染色体在遗传过程中存在复杂重组。高分辨率全基因组CNV芯片能够快速、准确地检测基因组的微小失衡，在遗传病诊断方面具有快速诊断优势。