圆舵鲣(Auxis rochei)是一种具有重要经济价值的小型金枪鱼类,南海资源量丰富.为了解南海圆舵鲣的遗传多样性水平和种群遗传分化,为渔业种群管理提供参考,本文利用线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cytb)高变区序列作为遗传标记,分析了中国南海5°N～21°N之间7个地理群体的遗传结构特征.所有样本共获得201条D-loop区序列和175条Cytb序列,分别检测到185种和134种单倍型.基于D-loop序列的各个地理群体单倍型多样性为0.9582～1.0000,核苷酸多样性为0.034327～0.041235；基于Cytb分析的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.9828～0.9981和0.007458～0.010339,表明南海圆舵鲣整体呈现出很高的单倍型多样性和较高的核苷酸多样性特征.两种序列标记的单倍型邻接关系树均未呈现与地理群体对应的分支结构,分子方差分析(AM0VA)和成对遗传分化系数(FST)显示南海圆舵鲣的遗传变异主要来自群体内,地理群体间的基因交流很频繁,可视为一个随机交配群.核苷酸不配对分布和中性检测表明圆舵鲣在更新世晚期曾经历过种群的快速扩张.结果 表明：南海圆舵鲣具有丰富的遗传多样性水平,有较高的生态适应和进化能力；海域间遗传分化不显著,在渔业开发和管理上可视为一个单一的管理单元.