近年来，有些省级农垦管理局或农垦总公司，改为了国有独资的有限公司。农垦管理部门改为国有独资公司，标志着由姓“政”改为姓“企”;由总公司改为有限公司，标志着由国有独资企业改为国有独资公司，由受《企业法》调整变为受《公司法》调整，由省级人民政府承担无限责任变为承担有限责任。这项改革的意义在于：明确了出资人，锁定了法人财产权，实现了所有权、法人财产权、经营权的三分离，为今后股权多元化改革创造了条件。但改为国有独资有限公司后，许多人并未感到企业体制有“质”的变化，甚至认为是“换牌”。我们认为，改为国有独资公司后的农垦集团公司实质还处在体制的转型期(即体制的“中继形态”);如果新公司的资本结构、治理结构和组织结构没有相应的改革措施同步跟进，被误为“换牌”就不足为怪。本文对农垦集团公司在体制转型期的资本结构、治理结构、组织结构的现状和问题、解决的思路和对策做一些探讨。