红曲菌Monascus spp.，也称为红曲霉，是我国传统发酵产品红曲的生产菌种。 在分类上属于真菌界Fungi、真菌门Eumycota、子囊菌亚门Ascomycotina、不整子囊菌纲Plectomyhcetes、散囊菌目Eurtotiales、红曲科Monascaceae、红曲霉属Monascus Van Tiegh。红曲菌Monascus spp.接种于米饭培养基经发酵后的产物称为红曲，也被称为神曲或丹曲，在我国有上千年的应用历史，主要用作食品发酵剂、着色剂、防腐剂、增香剂及中药配伍。随着红曲研究的深入，红曲中的多种有益代谢产物如色素、monacolin K、γ-氨基丁酸γ-amino butyric acid，GABA、麦角固醇等成分已被广泛应用于现代食品、医药、饲料和化妆品等领域中。 目前，国内外关于红曲菌的研究主要集中在菌种分类、选育、发酵条件研究及活性成分的分离纯化等方面，并且取得了一系列的研究成果。而红曲菌的分子生物学研究尚处于起步阶段，很多围绕分子生物学方面的研究尚处于探索和建立方法的阶段，开展的相关工作主要包括红曲霉基因组DNA,RNA及mRNA提取方法的研究、DNA和RNA在红曲霉分类中的应用、红曲霉基因组文库的构建、遗传转化方法的研究以及与红曲霉产色素、桔霉素、monecolin K等代谢产物相关功能基因的研究。本文主要介绍了目前红曲菌分子生物学的研究进展。