本试验选取水牛、奶牛、湖羊、兔子为研究对象,研究不同草食家畜胃肠道中细菌的多样性差异.通过瘤胃瘘管技术,采集3头成年水牛、6头泌乳后期奶牛、4只4月龄左右湖羊的瘤胃内容物；屠宰取5只兔子的盲肠内容物.样品以最快速度置入厌氧甘油培养基中,-80℃厌氧保存.采集的样品用16烷基3甲基溴化铵(cetrimonium bromide,CTAB)方法提取DNA,QIAamp DNA Stool试剂盒纯化DNA.用519F和907R细菌16S rRNA基因引物PCR扩增V3区,PCR产物经割胶纯化后进行焦磷酸测序.利用mothur软件,以细菌16SrRNA基因序列相似度大于97％作为相同的操作单元(operational taxonomic unit,OTU),分析瘤胃及盲肠内容物中细菌多样性,计算所测序列数量的覆盖率.结果显示测序获得优质序列,水牛26 244条,其覆盖率为96％；奶牛30 357条,覆盖率为94％；湖羊21 998条,覆盖率为95％；兔子17 184条,覆盖率为93％.水牛、奶牛、湖羊和兔子OTU数分别为1 953、3 497、2 311、2 493,主要归入Bacteroidetes、Proteobacteria、Firmicutes三大门.在水牛、奶牛和湖羊瘤胃及兔子盲肠内容物细菌中Bacteroidetes所占的比例分别是31％、58％、69％和25％；Proteobacteria所占的比例分别为8％、8％、0.8％和4％；Firmicutes所占的比例分别为54％、24％、23％和62％.热图和相似度分析结果显示奶牛、湖羊和水牛亲缘较近,与兔子较远.但兔子与水牛、奶牛和湖羊均具有86个相同的OTU,其中普雷沃氏菌属(Prevotellaceae)占22个,毛螺旋菌属(Lachnospiraceae)和瘤胃球菌属(Ruminococcaceae)各占7个.结果提示水牛、奶牛和湖羊瘤胃及兔子盲肠内容物中细菌多样性存在差异,奶牛细菌多样性最丰富,兔子和湖羊次之,水牛最少.水牛瘤胃和兔子盲肠内容物中细菌以Firmicutes居多,奶牛和湖羊中Bacteroidetes占大多数.兔子盲肠中寄居着与瘤胃相似的球菌.