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奶牛产奶性状和一些重要功能性状，都属于数量性状，除了受多基因控制外，还受环境的影响。奶牛育种中，用传统的选择方法进行选择，很难取得显著成效。如果结合这些性状的QTL或与QTL连锁的标记选择，将会有助于加快遗传进展。QTL初步定位是了解数量性状遗传结构，寻找数量性状主效基因(QTG)和数量性状核苷酸(QTN)的第一步。许多研究表明:奶牛3号染色体上可能存在影响重要经济性状的QTL，但对3号染色体的研究一直滞后于6号、20号、14号等染色体。